Scheme information - cgMLST
Core-genome based MLST typing scheme
Fields
The primary key field indexes unique combinations of alleles at the member loci.
- cgST Primary key
Loci
This scheme consists of alleles from 1305 loci.
- DIP_RS11515
- DIP_RS11520
- DIP_RS11525
- DIP_RS11530
- DIP_RS11535
- DIP_RS11540
- DIP_RS11545
- DIP_RS11550
- DIP_RS11555
- DIP_RS11560
- DIP_RS11625
- DIP_RS11630
- DIP_RS11635
- DIP_RS11645
- DIP_RS11665
- DIP_RS11670
- DIP_RS11675
- DIP_RS11685
- x_1
- DIP_RS11730
- DIP_RS11735
- DIP_RS11740
- DIP_RS11745
- DIP_RS11750
- DIP_RS11755
- DIP_RS11880
- DIP_RS11885
- DIP_RS11890
- DIP_RS11905
- DIP_RS11910
- DIP_RS11920
- x_2
- DIP_RS11950
- DIP_RS11955
- DIP_RS11965
- DIP_RS11970
- DIP_RS11975
- DIP_RS11995
- DIP_RS11990
- DIP_RS12000
- DIP_RS12005
- DIP_RS12010
- DIP_RS12035
- DIP_RS12040
- DIP_RS12050
- DIP_RS12060
- DIP_RS12080
- DIP_RS12085
- DIP_RS12130
- DIP_RS12135
- DIP_RS12145
- DIP_RS12150
- DIP_RS12155
- DIP_RS12160
- DIP_RS12165
- DIP_RS12170
- DIP_RS12180
- DIP_RS12185
- DIP_RS12190
- DIP_RS12195
- DIP_RS12200
- DIP_RS12210
- DIP_RS12215
- DIP_RS12220
- DIP_RS12230
- DIP_RS12235
- DIP_RS12240
- DIP_RS12245
- DIP_RS12250
- DIP_RS12255
- DIP_RS12260
- DIP_RS12270
- DIP_RS12265
- DIP_RS12655
- DIP_RS12650
- DIP_RS12670
- DIP_RS12675
- DIP_RS12685
- DIP_RS12690
- DIP_RS12695
- DIP_RS12700
- DIP_RS12705
- DIP_RS12735
- DIP_RS12740
- DIP_RS12745
- DIP_RS12750
- DIP_RS12770
- DIP_RS12775
- DIP_RS12785
- DIP_RS12780
- DIP_RS12790
- DIP_RS12795
- DIP_RS12800
- DIP_RS12810
- DIP_RS12815
- DIP_RS12820
- DIP_RS12825
- DIP_RS12830
- DIP_RS12835
- DIP_RS12840
- DIP_RS12845
- DIP_RS12860
- DIP_RS12865
- DIP_RS12875
- DIP_RS12880
- DIP_RS12885
- DIP_RS12890
- DIP_RS12895
- DIP_RS12910
- DIP_RS12920
- DIP_RS12915
- DIP_RS12925
- DIP_RS12935
- DIP_RS12930
- DIP_RS12945
- DIP_RS12950
- x_3
- DIP_RS12955
- DIP_RS12960
- DIP_RS12965
- DIP_RS12975
- DIP_RS12970
- DIP_RS12980
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- DIP_RS13045
- DIP_RS13140
- DIP_RS13145
- DIP_RS13150
- DIP_RS13155
- DIP_RS13165
- DIP_RS13170
- DIP_RS13175
- x_5
- DIP_RS13180
- DIP_RS13185
- DIP_RS13190
- DIP_RS13195
- x_6
- DIP_RS13200
- DIP_RS13205
- DIP_RS13215
- DIP_RS13210
- DIP_RS13220
- DIP_RS13225
- DIP_RS13230
- DIP_RS13240
- DIP_RS13245
- DIP_RS13265
- DIP_RS13270
- DIP_RS13275
- DIP_RS13280
- DIP_RS13290
- DIP_RS13295
- DIP_RS13300
- DIP_RS13310
- DIP_RS13305
- DIP_RS13315
- DIP_RS13320
- DIP_RS13325
- DIP_RS13335
- DIP_RS13340
- DIP_RS13345
- DIP_RS13355
- DIP_RS13360
- DIP_RS13365
- DIP_RS13370
- DIP_RS13380
- DIP_RS13385
- DIP_RS13390
- DIP_RS13410
- DIP_RS13405
- DIP_RS13420
- DIP_RS13425
- DIP_RS13430
- DIP_RS13435
- DIP_RS13440
- DIP_RS13445
- DIP_RS13455
- DIP_RS13450
- DIP_RS13460
- DIP_RS13495
- DIP_RS13535
- DIP_RS13540
- DIP_RS13545
- DIP_RS13555
- DIP_RS13565
- DIP_RS13575
- DIP_RS13635
- DIP_RS13640
- DIP_RS13655
- DIP_RS13650
- DIP_RS13660
- DIP_RS13665
- DIP_RS13750
- DIP_RS13755
- DIP_RS13785
- DIP_RS13790
- DIP_RS13875
- DIP_RS13880
- DIP_RS13885
- DIP_RS13890
- DIP_RS13895
- DIP_RS13900
- DIP_RS13905
- DIP_RS13910
- DIP_RS13915
- DIP_RS13920
- DIP_RS13965
- DIP_RS13970
- DIP_RS13985
- DIP_RS13990
- DIP_RS13995
- DIP_RS14005
- DIP_RS14000
- DIP_RS14010
- DIP_RS14015
- DIP_RS14020
- DIP_RS14025
- DIP_RS14035
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- DIP_RS14075
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- DIP_RS14130
- DIP_RS14140
- DIP_RS14145
- DIP_RS14150
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- DIP_RS14170
- DIP_RS14175
- DIP_RS14185
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- DIP_RS14205
- DIP_RS14210
- DIP_RS14215
- DIP_RS14225
- DIP_RS14230
- DIP_RS14235
- DIP_RS14240
- DIP_RS14245
- DIP_RS14250
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- DIP_RS14310
- DIP_RS14320
- DIP_RS14325
- DIP_RS14330
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- DIP_RS14510
- DIP_RS14525
- DIP_RS14540
- DIP_RS14550
- DIP_RS14555
- DIP_RS14560
- DIP_RS14570
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- DIP_RS14575
- DIP_RS14580
- DIP_RS14610
- DIP_RS14615
- DIP_RS14620
- DIP_RS14625
- DIP_RS14635
- DIP_RS14630
- DIP_RS14640
- DIP_RS14645
- DIP_RS14655
- DIP_RS14665
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- DIP_RS14690
- DIP_RS14695
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- DIP_RS14725
- DIP_RS14730
- DIP_RS14735
- DIP_RS14745
- DIP_RS14755
- DIP_RS14760
- DIP_RS14765
- DIP_RS14770
- DIP_RS14775
- DIP_RS14780
- DIP_RS14785
- DIP_RS14790
- DIP_RS14795
- DIP_RS14805
- DIP_RS14810
- DIP_RS14815
- DIP_RS14820
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- DIP_RS14840
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- DIP_RS14850
- DIP_RS14860
- DIP_RS14870
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- DIP_RS14910
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- DIP_RS14930
- DIP_RS14925
- DIP_RS14935
- DIP_RS14945
- DIP_RS14975
- DIP_RS14980
- DIP_RS14985
- DIP_RS14990
- DIP_RS15000
- DIP_RS15005
- DIP_RS15010
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- DIP_RS15115
- DIP_RS15120
- DIP_RS15125
- DIP_RS15130
- DIP_RS15135
- DIP_RS15140
- DIP_RS15145
- DIP_RS15150
- DIP_RS15155
- DIP_RS15160
- DIP_RS15170
- DIP_RS15165
- DIP_RS15175
- DIP_RS15180
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- DIP_RS15345
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- DIP_RS15505
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- DIP_RS15545
- DIP_RS15550
- DIP_RS15555
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- DIP_RS15620
- DIP_RS15625
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- DIP_RS15905
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- DIP_RS15915
- DIP_RS15920
- DIP_RS15925
- DIP_RS15930
- DIP_RS15940
- DIP_RS15945
- DIP_RS15955
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- DIP_RS15980
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- DIP_RS15995
- DIP_RS16025
- DIP_RS16030
- DIP_RS16035
- DIP_RS16040
- DIP_RS16045
- DIP_RS16050
- DIP_RS16055
- DIP_RS16060
- DIP_RS16065
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- DIP_RS16090
- DIP_RS16095
- DIP_RS16100
- DIP_RS16105
- DIP_RS16110
- DIP_RS16115
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- DIP_RS16125
- x_11
- DIP_RS16130
- DIP_RS16135
- DIP_RS16140
- DIP_RS16145
- DIP_RS16180
- DIP_RS16185
- DIP_RS16195
- DIP_RS16225
- DIP_RS16230
- DIP_RS16235
- DIP_RS16245
- DIP_RS16250
- DIP_RS16255
- DIP_RS16260
- DIP_RS16265
- DIP_RS16295
- DIP_RS16305
- DIP_RS16310
- DIP_RS16315
- DIP_RS16320
- DIP_RS16325
- DIP_RS16335
- DIP_RS16350
- x_12
- DIP_RS16355
- DIP_RS16360
- DIP_RS16365
- DIP_RS16370
- DIP_RS16375
- DIP_RS16380
- DIP_RS16385
- DIP_RS16390
- DIP_RS16395
- DIP_RS16400
- DIP_RS16405
- DIP_RS16415
- DIP_RS16430
- DIP_RS16435
- DIP_RS16440
- DIP_RS16450
- DIP_RS16455
- DIP_RS16460
- DIP_RS16465
- DIP_RS16470
- x_13
- DIP_RS16480
- DIP_RS16485
- DIP_RS16490
- DIP_RS16495
- DIP_RS16505
- DIP_RS16520
- DIP_RS16525
- DIP_RS16530
- DIP_RS16535
- DIP_RS16540
- DIP_RS16545
- DIP_RS16560
- DIP_RS16555
- DIP_RS16565
- DIP_RS16570
- DIP_RS16575
- DIP_RS16585
- DIP_RS16590
- DIP_RS16595
- DIP_RS16605
- DIP_RS16610
- DIP_RS16615
- DIP_RS16620
- DIP_RS16625
- DIP_RS16635
- DIP_RS16640
- DIP_RS16645
- DIP_RS16650
- DIP_RS16655
- DIP_RS16665
- DIP_RS16680
- DIP_RS16685
- DIP_RS16690
- DIP_RS16695
- DIP_RS16700
- DIP_RS16705
- DIP_RS16710
- DIP_RS16715
- DIP_RS16720
- DIP_RS16745
- DIP_RS16755
- DIP_RS16750
- DIP_RS16760
- x_14
- DIP_RS16815
- DIP_RS16820
- DIP_RS16825
- DIP_RS16830
- DIP_RS16845
- DIP_RS16850
- DIP_RS16865
- DIP_RS16870
- DIP_RS16875
- DIP_RS16880
- DIP_RS16885
- DIP_RS16890
- DIP_RS16900
- DIP_RS16905
- DIP_RS16925
- DIP_RS16930
- DIP_RS16945
- DIP_RS16950
- DIP_RS16960
- DIP_RS16965
- DIP_RS16970
- DIP_RS16975
- DIP_RS16985
- DIP_RS16990
- DIP_RS16995
- DIP_RS17010
- DIP_RS17015
- DIP_RS17020
- DIP_RS17025
- DIP_RS17030
- DIP_RS17035
- DIP_RS17040
- DIP_RS17045
- DIP_RS17050
- DIP_RS17055
- DIP_RS17060
- DIP_RS17065
- DIP_RS17070
- DIP_RS17100
- x_15
- DIP_RS17105
- DIP_RS17110
- DIP_RS17115
- DIP_RS17120
- DIP_RS17125
- DIP_RS17130
- DIP_RS17135
- DIP_RS17140
- DIP_RS17145
- DIP_RS17160
- DIP_RS17165
- DIP_RS17170
- DIP_RS17175
- DIP_RS17180
- DIP_RS17185
- DIP_RS17215
- DIP_RS17225
- DIP_RS17230
- DIP_RS17235
- DIP_RS17240
- DIP_RS17245
- DIP_RS17250
- DIP_RS17255
- DIP_RS17260
- DIP_RS17265
- DIP_RS17270
- DIP_RS17275
- DIP_RS17285
- DIP_RS17290
- DIP_RS17310
- DIP_RS17315
- DIP_RS17320
- DIP_RS17325
- DIP_RS17330
- DIP_RS17335
- DIP_RS17340
- DIP_RS17345
- DIP_RS17350
- DIP_RS17355
- DIP_RS17360
- DIP_RS17365
- DIP_RS17370
- DIP_RS17375
- x_16
- DIP_RS17385
- DIP_RS17410
- DIP_RS17415
- DIP_RS17420
- DIP_RS17425
- DIP_RS17430
- DIP_RS17435
- DIP_RS17440
- DIP_RS17445
- DIP_RS17450
- DIP_RS17455
- DIP_RS17470
- DIP_RS17485
- DIP_RS17490
- DIP_RS17495
- DIP_RS17500
- DIP_RS17505
- DIP_RS17510
- DIP_RS17545
- DIP_RS17550
- DIP_RS17555
- x_17
- DIP_RS17560
- DIP_RS17575
- DIP_RS17580
- DIP_RS17590
- DIP_RS17595
- DIP_RS17600
- DIP_RS17605
- DIP_RS17610
- DIP_RS17615
- x_18
- DIP_RS17620
- DIP_RS17625
- DIP_RS17630
- DIP_RS17635
- DIP_RS17640
- DIP_RS17645
- DIP_RS17650
- DIP_RS17655
- DIP_RS17665
- DIP_RS17670
- DIP_RS17685
- DIP_RS17690
- DIP_RS17695
- DIP_RS17700
- DIP_RS17705
- DIP_RS17715
- DIP_RS17720
- DIP_RS17725
- DIP_RS17730
- DIP_RS17735
- DIP_RS17740
- DIP_RS17745
- DIP_RS17750
- DIP_RS17755
- DIP_RS17760
- DIP_RS17765
- DIP_RS17775
- DIP_RS17780
- DIP_RS17785
- DIP_RS17790
- DIP_RS17795
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- DIP_RS17815
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- DIP_RS17855
- DIP_RS17875
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LIN codes
This scheme has LIN codes defined. See Palma et al. bioRxiv 2024.03.11.584534.| Bin | Threshold (allelic differences) |
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| 10 | 0 |
The following nickname fields have been defined. These are used to search specific LIN code prefixes using human-readable names.
| Field | Type |
|---|---|
| Species | text |
| Lineage | text |
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| Genetic cluster | text |